В Эстонии — партизаны действовали под руководством Николая Каротамма. Отряды и группы, которые действовали в Эстонии, были весьма незначительными.
В Латвии партизанские отряды вначале были подчинены командирам российских и белорусских отрядов, а с января 1943 года — непосредственно центру в Москве под руководством Артура Спрогиса. Другой видный командир партизан Вилис Самсон. На счету возглавляемых им отрядов, численностью порядка 3000 человек — уничтожение около 130 немецких поездов.
В Литве действовало 11 отрядов советских литовских партизан, объединённых в Вильнюсскую (командир М. Мицейка) и Тракайскую (командир Т. Мончунскас) бригады. В июле 1944 года эти бригады приняли непосредственное участие в освобождении Вильнюса, помогая штурмующим войскам в боях на южной окраине города и в районе железнодорожной станции. Личный состав партизанских отрядов в Литве был преимущественно еврейской национальности (перед войной евреи составляли весьма значительный процент в национальном составе Вильны и окрестностей). Выходцы из гетто Вильнюса и Каунаса наиболее успешно воевали в отрядах партизан, созданных членами подпольных организаций и беглецами из прочих гетто и лагерей Литвы (ведь выборы у них не было — или погибнуть в гетто, или бороться в отрядах). Еврейские отряды также вошли в состав партизанских соединений, действовавших на её территории. Одним из руководителей партизанского движения в Литве был Г. Зиманас («Юргис», 1910-1985), еврейские партизаны под командованием Аббы Ковнера участвовали в освобождении Вильнюса от нацистских войск летом 1944 года.
